一周岁以下的婴儿不要喝——国外的科学家发现，一周岁以下的婴儿食用蜂蜜及花粉类制品，可能因肉毒杆菌污染，引起宝宝食物中毒。这是因为：土壤和灰尘中往往含有被称为“肉毒杆菌”的细菌，蜜蜂在采取花粉酿蜜的过程中，有可能会把被污染的花粉和蜜带回蜂箱。
不可以用开水冲或高温蒸煮——因为不合理的加热，会使蜂蜜特有的香味和滋味受到破坏而挥发，抑菌作用下降，营养物质被破坏，因此，蜂蜜最好使用60℃以下的温开水或凉开水稀释后食用，特别是在炎热的夏季，用冷开水冲蜂蜜饮食，能消暑解热，是很好的清凉保健饮料。
不宜与豆腐同食——豆腐味甘、咸，性寒，能清热散血。与蜂蜜同食易导致腹泻。同时蜂蜜中的多种酶类，豆腐中的多种矿物质、植物蛋白、有机酸等，二者同食不利于人体的生化反应。
不宜与韭菜同食——韭菜含维生素C丰富，容易被蜂蜜中的矿物质铜、铁等离子氧化而失去作用。另外，蜂蜜可通便，韭菜富含纤维素而导泻，容易引起腹泻。
糖尿病人不能服用蜂蜜——每百克蜂蜜碳水化合物中葡萄糖约为35克，果糖40克左右，蔗糖约2克，糊精约1克。葡萄糖和果糖均为单糖，进入肠道后无需消化可直接被吸收入血，使血糖升高，蔗糖和糊精略经水解后即可被吸收，因此，蜂蜜的升血糖作用特别明显。从这一点来看，糖尿病人是不能服用蜂蜜的。
不能盛放在金属器皿中——这样会增加蜂蜜中重金属的含量。